No deberías dudar entre la palabra cnes y la palabra cnex a la hora de escribir, debido a que solo existe una forma viable para escribir este término como es debido, y es: cnes. El término cnex simplemente no aparece en el diccionario de la Real Academia de la Lengua Española.
La vacilación cuando debemos escribir palabras que incluyen las letras ‘s’ y ‘c’ pasa con más frecuencia en aquellas áreas en que las dos se pronuncian de forma idéntica. Esto es sobre todo en los países de América Latina en los cuales se habla castellano, mas también en algunas áreas del sur de la Península Ibérica y las Islas Canarias. No vamos a entrar a aportar teorías sobre el porqué de esta manera de pronunciar, ya que no se trata del propósito de esta página, solamente deseamos indicar que sea como sea, esta pronunciación está aceptada. También {hay que decir|es preciso constatar que la confusión entre las letras ‘s’ y ‘c’ solamente puede existir en determinados casos, puesto que la ‘c’ delante de las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’ en ningún caso se debe de pronunciar de forma similar a /s/, sino que suena como /k/, por lo que no tendría que haber ninguna confusión en este punto. Con relación a lo demás, quisiéramos recomendarte escuchar la pronunciación las palabras en castellano peninsular estándar, como forma de aprender a distinguir en qué momento es preciso escribir la letra ‘s’ y cuándo la letra ‘c’. Y desde luego, visitar nuestra web y aprender las reglas de ortografía que hemos reunido para ti en la portada de este sitio. Así nunca más sentirás dudas sobre si el vocablo que quieres escribir se escribe cnes o se trata de la palabra cnex.