Nunca jamás deberías dudar entre septo y el término zepto cuando debas escribir, dado que solo hay una forma viable de escribir este término con corrección, y es: septo. El término zepto simplemente no se encuentra en el diccionario de la Real Academia de la Lengua Española.
La inseguridad cuando hay que escribir palabras que incluyen las letras ‘s’ y ‘c’ sucede con más asiduidad en aquellos sitios en que ambas se pronuncian igual. Esto pasa principalmente en los países latinoamericanos en los cuales hablan en castellano, aunque también además en algunas áreas del sur de España y las Islas Canarias. No es nuestra intención teorizar acerca del porqué de este modo de pronunciar, ya que no se trata del objetivo de esta web, meramente deseamos señalar que en cualquier caso, esta forma de pronunciar está reconocida. Al mismo tiempo {hay que decir|es preciso decir que la confusión entre las letras ‘s’ y ‘c’ únicamente puede tener lugar en ciertas circunstancias, dado que la ‘c’ cuando antecede a las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’ nunca jamás tiene su pronunciación de modo semejante a /s/, sino que se pronuncia como /k/, por lo que no debería de existir ningún tipo de confusión en estos casos. Respecto al resto, quisiéramos recomendarte escuchar la pronunciación las palabras en castellano peninsular estándar, como método para aprender a encontrar las diferencias sobre en qué momento hay que escribir la letra ‘s’ y cuándo la letra ‘c’. Y ciertamente, seguir nuestro sitio web y asimilar las normas ortográficas que hemos juntado para ti en la portada de este sitio. De esta manera no experimentarás dudas sobre si la palabra que tratas de escribir se escribe septo o se trata de la palabra zepto.