Nunca deberías dudar entre la palabra guanajuato y la palabra juanajuato cuando quieras escribir, dado que solo existe una forma posible de escribir este término con corrección, y es: guanajuato. El término juanajuato simplemente no corresponde a ninguna palabra que se encuentre en el diccionario de la RAE.
Las dudas cuando debemos escribir vocablos que incluyen las letras ‘s’ y ‘c’ ocurre con más regularidad en aquellas zonas en donde ambas dos se pronuncian de forma idéntica. Esto sucede primordialmente en los países de Latinoamérica en los que se habla lengua española, aunque también en algunas áreas del sur de España y las Islas Canarias. No deseamos trazar teorías respecto al porqué de este modo de pronunciar, dado que no se corresponde con el objetivo de esta web, únicamente deseamos señalar que sea como sea, esta pronunciación está aprobada. También {hay que precisar|es preciso apuntar que la confusión entre ‘s’ y ‘c’ tan solo se puede dar en algunos casos, ya que la ‘c’ cuando antecede a las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’ en ninguna ocasión se pronuncia de modo similar a /s/, sino que debe pronunciarse como /k/, por lo que no debería de existir ningún tipo de confusión en este punto. Por lo demás, nuestro consejo es escuchar la manera de pronunciar las palabras en español de la Península Ibérica estándar, como forma de aprender a distinguir cuándo es preciso escribir la letra ‘s’ y cuándo la letra ‘c’. Y ciertamente, visitar nuestra página web y aprender las reglas ortográficas que hemos juntado para ti en el inicio de este sitio. Así ya nunca más tendrás dudas sobre si el vocablo que pretendes escribir se escribe guanajuato o es la palabra juanajuato.