Nunca deberías dudar entre la palabra flagelación y la palabra flajelación a la hora de escribir, pues solamente existe una forma viable para escribir este término de forma correcta, y es: flagelación. La palabra flajelación sencillamente no aparece en el diccionario de la Real Academia de la Lengua Española.
Para que recuerdes mejor el modo en que se debe escribir flagelación, pensamos que puede ayudarte la definición del diccionario:
Las dudas que se sienten en el momento de escribir palabras que incluyen las letras ‘s’ y ‘c’ sucede más asiduamente en aquellas zonas en donde ambas dos se pronuncian de forma idéntica. Esto es sobre todo en los países latinoamericanos en los que se habla español, aunque también además en algunas áreas del sur de la Península Ibérica y las Islas Canarias. No deseamos mostrar teorías acerca del porqué de este modo de pronunciar, dado que no se trata del propósito de este sitio web, tan solo queremos apuntar a que sea como fuere, esta pronunciación está reconocida. También {hay que decir|es preciso constatar que la confusión entre ‘s’ y ‘c’ solamente puede aparecer en algunas circunstancias, debido a que la ‘c’ delante de las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’ en ningún caso se pronuncia de forma semejante a /s/, sino que se pronuncia como /k/, por lo que no tendría que haber ningún tipo de confusión por este motivo. Con relación a lo demás, nuestra recomendación es escuchar cómo se pronuncian las palabras en español peninsular estándar, para así aprender a diferenciar cuándo es necesario escribir ‘s’ y cuándo ‘c’. Y indudablemente, visitar nuestra web y asimilar las reglas ortográficas que hemos recopilado para ti en el inicio de este sitio. De esta manera nunca experimentarás dudas sobre si el término que deseas escribir se escribe flagelación o es la palabra flajelación.