Jamás debes dudar entre la palabra misil y la palabra mixil a la hora de escribir, puesto que solo hay una forma viable para escribir esta palabra con corrección, y es: misil. El término mixil simplemente no se encuentra en el diccionario de la Real Academia de la Lengua Española.
Con la finalidad de que encuentres un sistema que te ayude a recordar el modo en que es preciso escribir misil, su definición del diccionario:
La vacilación a la hora de escribir palabras que comprenden las letras ‘s’ y ‘c’ se da más frecuentemente en aquellas áreas en que ambas dos se pronuncian igual. Esto ocurre primordialmente en los países latinoamericanos en los que se habla castellano, pero también en algunas regiones del sur de la Península Ibérica y las Islas Canarias. No es nuestro deseo teorizar respecto al porqué de esta manera de pronunciar, puesto que no se trata del propósito de este sitio web, tan solo queremos señalar que sea como fuere, esta forma de pronunciar está aceptada. Igualmente {cabe apuntar|es preciso apuntar que la confusión entre las letras ‘s’ y ‘c’ tan solo puede darse en ciertas circunstancias, ya que la letra ‘c’ delante de las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’ jamás se pronuncia de modo similar a /s/, sino como /k/, por lo cual no tendría que haber ninguna confusión en este punto. Respecto al resto, nuestro consejo es escuchar cómo se pronuncian las palabras en español de la Península Ibérica estándar, como forma de aprender a diferenciar cuándo es preciso escribir la letra ‘s’ y cuándo ‘c’. Y evidentemente, visitar esta web y estudiar las normas de ortografía que hemos juntado para ti en la portada de este sitio web. De esta manera ya nunca más sentirás dudas sobre si el vocablo que intentas escribir se escribe misil o es la palabra mixil.