No deberías dudar entre el término pontificia y el término pontifisia a la hora de escribir, ya que únicamente hay una manera viable para escribir este término de forma correcta, y es: pontificia. La palabra pontifisia sencillamente no se encuentra en el diccionario de la Real Academia de la Lengua Española.
Con el propósito de que te sea más fácil recordar la forma en que debes escribir pontificia, su definición del diccionario:
La confusión cuando debemos escribir palabras que incluyen las letras ‘s’ y ‘c’ sucede con más frecuencia en aquellos territorios en que ambas dos se pronuncian de forma idéntica. Esto se produce fundamentalmente en los países latinoamericanos en los que se habla español, aunque también además en algunas partes del sur de España y las Islas Canarias. No es nuestra intención mostrar teorías acerca del porqué de este modo de pronunciar, porque no se trata del propósito de esta página, únicamente queremos mencionar que sea como sea, esta pronunciación está aprobada. Igualmente {hay que decir|es preciso constatar que la confusión entre las letras ‘s’ y ‘c’ únicamente se puede dar en algunos casos, ya que la letra ‘c’ cuando va delante de las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’ nunca se pronuncia de manera semejante a /s/, sino como /k/, por lo que no debería de haber ningún tipo de confusión en estas circunstancias. Con relación a lo demás, quisiéramos recomendarte escuchar la pronunciación las palabras en castellano peninsular estándar, como método para aprender a diferenciar cuándo es necesario escribir ‘s’ y cuándo la letra ‘c’. Y indudablemente, ser seguidor de esta página web y aprender las reglas de ortografía que hemos compilado para ti en la portada de esta web. De esta forma ya nunca más sentirás dudas sobre si el vocablo que quieres escribir se escribe pontificia o se trata de la palabra pontifisia.