Nunca jamás deberías dudar entre la palabra permaneciesen y el término permanesiesen cuando te veas en la necesidad de escribir, ya que solamente existe una manera posible para escribir este término como es debido, y es: permaneciesen. El término permanesiesen sencillamente no corresponde a ninguna palabra que se encuentre en el diccionario de la Real Academia de la Lengua Española.
Con la finalidad de que recuerdes mejor el modo en que deberías escribir permaneciesen, su definición del diccionario:
Las dudas que surgen a la hora de escribir términos que comprenden las letras ‘s’ y ‘c’ se da con más frecuencia en aquellos territorios en donde las dos se pronuncian de igual modo. Esto ocurre sobre todo en los países de Latinoamérica en los que se habla lengua española, aunque también en algunas áreas del sur de España y las Islas Canarias. No vamos a entrar a mostrar teorías con relación al porqué de esta pronunciación, dado que no se trata del propósito de esta web, meramente queremos mencionar que sea como sea, esta manera de pronunciar está aprobada. De igual modo {hay que apuntar|es preciso decir que la confusión entre las letras ‘s’ y ‘c’ tan solo puede tener lugar en algunas circunstancias, porque la letra ‘c’ cuando antecede a las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’ en ninguna ocasión se pronuncia de manera similar a /s/, sino que se pronuncia como /k/, por lo que no tendría que existir ningún tipo de confusión en estos casos. Respecto al resto, quisiéramos recomendarte escuchar la pronunciación las palabras en español peninsular estándar, como forma de aprender a distinguir en qué momento se debe escribir ‘s’ y cuándo la letra ‘c’. Y indudablemente, visitar nuestra página web y asimilar las normas de ortografía que hemos compilado para ti en la portada de este sitio. De este modo ya nunca más experimentarás dudas sobre si el término que tratas de escribir se escribe permaneciesen o es la palabra permanesiesen.