Nunca deberías dudar entre municipios y la palabra munisipios a la hora de escribir, debido a que solamente nos encontramos con una forma viable de escribir esta palabra de forma correcta, y es: municipios. El término munisipios simplemente no se encuentra en el diccionario de la RAE.
Con el fin de que te sea más fácil recordar la manera en que deberías escribir municipios, queremos aportarte su definición del diccionario:
La confusión en el momento de escribir términos que incluyen las letras ‘s’ y ‘c’ se da con más frecuencia en aquellos territorios en donde las dos se pronuncian de igual modo. Esto sucede sobre todo en los países de América Latina en los que se habla lengua española, pero también además en algunas partes del sur de la Península Ibérica y las Islas Canarias. No es nuestro deseo trazar teorías con relación al porqué de este modo de pronunciar, ya que no se corresponde con el propósito de esta página, meramente deseamos señalar que en cualquier caso, esta manera de pronunciar está aprobada. Asimismo {cabe apuntar|es preciso apuntar que la confusión entre ‘s’ y ‘c’ tan solo puede aparecer en algunas circunstancias, debido a que la letra ‘c’ cuando va delante de las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’ en ninguna ocasión se debe de pronunciar de forma semejante a /s/, sino que debe pronunciarse como /k/, por lo cual no tendría que existir ninguna confusión en estas circunstancias. Con relación a lo demás, aconsejamos escuchar la pronunciación las palabras en español de la Península Ibérica estándar, como método para aprender a encontrar las diferencias sobre cuándo se debe escribir ‘s’ y cuándo la letra ‘c’. Y desde luego, seguir esta web y asimilar las normas ortográficas que hemos reunido para ti en el inicio de esta web. De esta manera no tendrás dudas sobre si el término que intentas escribir se escribe municipios o es la palabra munisipios.